BioShock está ambientado durante una ucronía del año 1960, en Rapture, una ciudad distópica ficticia bajo el agua. El jugador se entera de la historia de Rapture a través de grabaciones de audio mientras explora la ciudad. Rapture fue prevista por el magnate Andrew Ryan, el cual quería crear un estado laissez faire para escapar de la autoridad política, económica y religiosa cada vez más opresiva en tierra. La ciudad fue secretamente construida en 1946 sobre un relieve oceánico en la mitad del océano Atlántico, utilizando volcanes submarinos para proveer a la misma de energía geotérmica. El progreso científico floreció en Rapture conduciendo a un rápido desarrollo en ingeniería y biotecnología, gracias en parte a científicos brillantes que Ryan trajo a la ciudad. Uno de esos adelantos fue ADAM, células madre cosechadas de una especie de babosas de maranteriormente desconocida, la cual fue descubierta por la Dra. Bridgette Tenenbaum para tener la capacidad de regenerar tejido dañado y reescribir el genoma humano.29 En colaboración con el empresario y gánster Frank Fontaine, crearon la industria de plásmidos, en la cual los clientes podrían mejorar sus cuerpos con cualidades sobrehumanas. Tenenbaum halló que ese ADAM podía ser producido en masa implantando a las babosas en los estómagos de niñas jóvenes, que eran tomadas de orfanatos, las cuales terminarían convirtiéndose en las Little Sisters.
Con el paso del tiempo, la brecha entre ricos y pobres aumentó. Frank Fontaine estableció asociaciones caritativas para apoyar a la clase marginada (algo antiético a la filosofía de Andrew Ryan). También estableció una operación de contrabando para suplir a los ciudadanos con artículos prohibidos de la superficie, tal como material religioso. Estos, junto con su control de la industria de plásmidos, lo hicieron inmensamente poderoso. Intentó derrocar a Andrew Ryan, pero la rebelión fue violentamente aplastada y Fontaine, según se informó, fue asesinado. Ryan incautó del negocio de plásmidos de Fontaine.
Al cabo de unos meses, una nueva figura, llamada Atlas, salió como el líder de la clase descontenta. En vísperas del Año Nuevo de 1959, Atlas y sus seguidores, infundidos con ADAM, comenzaron una nueva rebelión en contra de Ryan que se extendió por toda Rapture; esta rebelión dio nacimiento a los splicers, humanos dependientes del ADAM que mataron a la población cuerda durante y después de la rebelión, y son los únicos supervivientes después de la misma. Ryan, a su vez, comenzó a empalmar sus propias fuerzas, y su paranoia había alcanzado tal nivel que estaba ahorcando a docenas de personas, la mayoría inocente, en la plaza principal de Rapture. Para lidiar con la escasez de ADAM, a las Little Sisters se les aplicó el condicionamiento pavloviano para recorrer la ciudad y extraer el ADAM de los muertos, reciclando el ADAM bruto en su estómago después de habérselo tragado. Los Big Daddy, humanos armados sin voluntad propia y sumamente mejorados usando escafandras, fueron creados por el Dr. Suchong, el científico detrás de muchos plásmidos, para proteger a las Little Sisters durante su trabajo.
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