En el año 2012 Desmond Miles es el último descendiente de un extenso linaje perteneciente a la milenaria Hermandad de los hashshashin o asesinos. Pero a pesar de haber sido educado como uno más de la hermandad, Miles decide abandonarla en pos de una vida tranquila y normal como encargado de la barra de un bar. No obstante, la mega corporación Abstergo Industries, que no es otra cosa que la encarnación moderna de la legendaria Orden de los Caballeros Templarios, conoce el secreto de Miles y decide secuestrarlo. El objetivo de Abstergo Industries es obligar a Miles a usar un dispositivo denominado Animus, el cual le permite tener acceso a sus recuerdos ancestrales a través de su ADN. Con ello, Abstergo pretende desenterrar la localización de unos poderosos artefactos denominados Fragmentos del Edén, los cuales les otorgarían un poder ilimitado con el que dominar el mundo y cambiar su destino.