El conflicto principal de Final Fantasy recae en un grupo de personajes luchando contra un mal, normalmente antiguo, que domina el mundo.
Principalmente los escenarios que se plantean son el de una nación en rebelión y los personajes principales forman en gran o menor parte de esa rebelión( los Returners en Final Fantasy VI y AVALANCHE en Final Fantasy VII). En las primeras entregas, los héroes están destinados a salvar el mundo como parte de una profecía, posteriormente los héroes se unen por diferentes motivos usualmente provocados por el antagonista en turno o principal.
Otra tradición de la serie es la inclusión de 2 villanos. Usualmente, el primer villano no termina siendo el antagonista final, sino otro personaje que le servía al primer villano (Kefka en FFVI) o, incluso, un personaje anteriormente secundario que traiciona a los héroes.
Las historias se enfatizan principalmente en los problemas internos de los personajes principales (incluso algunos villanos), sus pasiones, relaciones con otros personajes, temas como la amistad, la rivalidad y el amor.
Uno de los elementos más presentes en la serie de Final Fantasy son los Cristales, los cuales forman una parte muy importante de las historias y escenarios, principalmente de las primeras entregas, usualmente los cristales forman parte de la fuerza vital del planeta y son poseedores de una poderosa magia, los cuales permiten que los humanos puedan utilizar hechizos. Diversos antagonistas a lo largo de la serie han intentado tomar el poder de los cristales para dominar el mundo.