En el transcurso del año 2029, el planeta se recupera de una tercera guerra mundial nuclear. El plano geopolítico se ha transformado sustancialmente y una de las superpotencias más destacadas de esta nueva realidad es Japón. Una nueva guerra fría emerge, convirtiendo a la política internacional en una enrevesada lucha de intereses maquiavélicos, enfrentados a la delincuencia tecnológica y al terrorismo cibernético, trayendo como consecuencia que los delitos electrónicos sean un objetivo primordial para la seguridad internacional de todos los países.
La integración hombre-máquina ha sido posible gracias al avance vertiginoso de los adelantos tecnológicos, y se inicia la lenta aparición embrionaria de la poshumanidad. Los implantes y aparatos protésicos son empleados recurrentemente, magnificando la potencialidad de los órganos y extremidades naturales de las personas: ojos, oídos, brazos, piernas, corazón, etc.
El personaje principal, Motoko Kusanagi, es una cíborg completa, a excepción de su cerebro y su médula. Este hecho es la causa por la que la película recibe el nombre, puesto que el ghost, la conciencia o espíritu del individuo original, es decir su alma, se encuentra dentro de esa estructura robótica o cuerpo artificial, que aunque es un simple instrumento de oscuros intereses, aún preserva su propia identidad o yo psicológico.