Los acontecimientos relatados en Halo 2 ocurren después de aquellos narrados en la novela Halo: First Strike. El juego inicia con un juicio en contra de un comandante Elite del Covenant, dentro de una enorme estructura flotante que sirve a manera de ciudad y es denominada High Charity. El Elite es revocado de su rango y señalado como hereje por no evitar que los humanos destruyeran la primera instalación de Halo. Debe señalarse que el interés del Covenant respecto a los planetas Halo subyace en una creencia religiosa en la que suponen que mediante la activación de los anillos se daría paso al llamado «Gran Viaje», que a su vez les permitiría salvarse a los creyentes más fieles del Covenant. El Elite es torturado por Tartarus, el jefe de los Brutes del Covenant. Mientras tanto, en la Tierra, el Jefe Maestro junto con el sargento Avery Johnson son condecorados por sus acciones en Halo. Lord Hood premia a los soldados y a la comandante Miranda Keyes, quien acepta una medalla en memoria de su fallecido padre, el capitán Jacob Keyes.
De repente, una flota Covenant aparece a las afueras del perímetro defensivo de la Tierra. Mientras la UNSC repele a la mayoría de la flota, una sola corbeta Covenant que transporta a un importante miembro de la jerarquía del Covenant, el Profeta del Pesar, ataca a la ciudad de Nueva Mombasa, Kenia. El Jefe Maestro ayuda a exterminar a las tropas Covenant que han aterrizado en la ciudad; debido a que la corbeta es destruida, Pesar realiza un viaje interestelar para huir. Keyes, Johnson, Cortana y el Jefe lo persiguen en la nave In Amber Clad. Durante la persecución, el grupo descubre la existencia de otro anillo Halo y al reflexionar sobre el peligro que esto representa, el Jefe recibe la enmienda de asesinar a Pesar, mientras que Keyes y Johnson se encargan de localizar la llave de activación del nuevo planeta, conocida como Índice.
Entre tanto, el humillado comandante Covenant es presentado una vez más ante los Profetas Jerárquicos, quienes reconocen que a pesar de haber fallado en defender Halo, no es un hereje. Le ofrecen el rango de Inquisidor para que pueda sumarse a la batalla.
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