Mass Effect está situado en el año 2183. Treinta y cinco años antes, la humanidad descubrió un alijo de tecnología construido por una civilización tecnológicamente avanzada pero extinta. Esta raza se denominaba Proteanos. Gracias al estudio y adaptación de esta tecnología la Humanidad ha logrado salir del Sistema Solar y establecer numerosas colonias, además de encontrar a varias especies extraterrestres, todo esto en la Vía Láctea. La utilización de herramientas de tecnología proteana, conocidos como Relés de Masa ha permitido a las diversas especies viajar instantáneamente a través de vastas extensiones de la Galaxia.
El juego tiene lugar principalmente en dos escenarios: El prototipo de fragata SSV Normandía y la Ciudadela, una gigantesca y antigua estación espacial supuestamente construida por los Proteanos y que actualmente actúa como centro de la civilización galáctica. Sin embargo, a lo largo del juego el jugador puede navegar, mediante la Normandía, a varios planetas, lunas y otros destinos.
En el juego la humanidad ha formado la Alianza de Sistemas Humanos, uno de los muchos organismos independientes que componen el colectivo del Espacio de la Ciudadela, este último es gobernado por un órgano conocido como el Consejo de la Ciudadela, que se compone de un miembro de cada una de las tres razas más poderosas y destacadas: Turianos, Asari y Salarianos.