El juego empieza con Spider-Man balanceándose hasta un edificio en llamas. Comienza un pequeño tutorial y al acabarlo, continuas avanzando por el edificio derrotando a los pirómanos y desactivando las bombas. El nivel concluye salvando a una chica a punto de volar por los aires a causa de una bomba. Luego pasa al día siguiente. Su mejor amigo Harry Osborn no le habla más y tiene un nuevo rival en el Daily Bugle: Eddie Brock. Mientras tanto, el convicto en fuga Flint Marko cae en un reactor y se convierte en arena. Un pequeño meteoro choca, con un simbionte en su interior.
Spider-Man lleva a Mary Jane Watson, su novia, de paseo por los cielos de Manhattan, y la lleva a Central Park. Luego, le habla sobre Harry. Mary Jane le consuela; mientras hablan, el simbionte se pega al zapato de Peter. Mientras tanto, Harry sale de una cámara en la guarida del Duende Verde, llena del gas Duende. Ahora es un nuevo villano.